Game kể về chuyến phiêu lưu của Honoka, một ninja được đào tạo bài bản và cũng là một nhân viên tình báo CIA xuất sắc. Cô là con gái của Joe Mushashi – huyền thoại lừng danh trong phiên bản đầu tiên của Shinobi – và Catherine. Dưới sự đào tạo của Silver Fox – một trong tứ đại thiên vương (Oboro Clan) – và sự dẫn dắt của Diana, cô dần dần khám phá ra sự thật về cái chết của cha mình. Để tìm ra sự thật đó, cô đã phải đương đầu với các thành viên còn lại của Oboro clan, đó là: Black Snake, Dragon Mask…
tai 360x640
tai 240x320
tai 320x240